Powstanie warszawskie, emigracja i powrót do kraju
W marcu 1944, gdy ''Zo'' zagroziło aresztowanie, wycofano ją z działalności kurierskiej i przeniesiono do służby w dowództwie Wojskowej Służby Kobiet (WSK). Działając w WSK, brała udział w powstaniu warszawskim, a po kapitulacji przedostała się do Krakowa, gdzie odbudowywała zerwaną łączność ze Sztabem Naczelnego Wodza. Zdemobilizowana w lutym 1945 dalej pracowała w konspiracji: najpierw w Delegaturze Sił Zbrojnych na Kraj, następnie w Zrzeszeniu Wolność i Niezawisłość. Z działalności antykomunistycznej zrezygnowała w 1946, podejmując pracę w Państwowym Urzędzie Wychowania Fizycznego i Przysposobienia Wojskowego przy Ministerstwie Obrony Narodowej, z której - ze względów politycznych - musiała zrezygnować w 1948.
W latach 1948-1951 pracowała jako nauczycielka w Łodzi, Toruniu i Olsztynie. 5 września 1951 została aresztowana przez MBP i po procesie skazana na 10 lat pozbawienia wolności. Na wolność wyszła 24 lutego 1955.
Wróciła do pracy w szkolnictwie, ucząc w szkołach w Sierpcu i Toruniu, nie zaniedbując jednak samodzielnej nauki. W 1965 na UMK w Toruniu obroniła doktorat (promotor: prof. Ludwik Bandura) i podjęła pracę na stanowisku adiunkta Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku (od 1972 Uniwersytet Gdański). W 1973 w Wykowie (obecnie: Uniwersytet Pedagogiczny) uzyskała tytuł doktora habilitowanego. Nie mając szans na utworzenie własnego zakładu andragogiki w Gdańsku (o czym marzyła), w 1975 przyjęła propozycję UMK stworzenia nowo powstającym Instytucie Pedagogiki i Psychologii. W 1976 wyjechała w celach naukowych do Londynu, po powrocie spotkały ją liczne szykany i represje tak ze strony SB, jak i władz Instytutu, w którym pracowała. Przeszłą dwa zawały serca oraz długą rekonwalescencję, a w 1978 została zmuszona do odejścia na emeryturę. Do badań z zakresu nauk pedagogicznych nigdy nie powróciła.
Jeszcze w latach sześćdziesiątych Elżbieta Zawacka zajęła się gromadzeniem materiałów historycznych, dokumentujących działalność Armii Krajowej w czasie wojny, jako emerytka powróciła do tej pracy. {{fakt|Działała w ruchu kombatanckim Solidarności, w 1986 współorganizowała w Toruniu Klub Historyczny przy toruńskim oddziale Zrzeszenia Kaszubsko-Pomorskiego (działający następnie jako Klub Historyczny im. Antoniego Antczaka).|data=2015-01}} Dzięki jej zaangażowaniu grono kilku osób w Toruniu zainicjowało, w końcu 1988, powstanie ogólnopolskiego stowarzyszenia byłych żołnierzy Armii Krajowej (obecnie Światowy Związek Żołnierzy Armii Krajowej). W pierwszym zarządzie głównym tej organizacji, który kładł podwaliny pod jej dalszy rozwój, pełniła funkcję wiceprezesa Zarządu Głównego. W 1990 zainicjowała utworzenie Fundacji Archiwum Pomorskie Armii Krajowej - była jej pierwszym prezesem, a po latach honorowym przewodniczącym Rady. Klub Historyczny im. Antoniego Antczaka był integralną częścią założonej przez Zawacką Fundacji i funkcjonował do początku XXI w.
W 1989 została laureatką Medalu Stolema - wyróżnienia przyznawanego w Zrzeszeniu Kaszubsko-Pomorskim osobom, które w szczególny sposób przyczyniły się do pomnożenia dorobku i osiągnięć kultury i Pomorza lub do ich spopularyzowania. W 1990 została odznaczona Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, a w 1993 Krzyżem Komandorskim tego orderu z gwiazdą. Od 1996 była profesorem nauk humanistycznych. W 1993. Rada Miasta Torunia przyznała jej tytuł Honorowego Obywatela tego miasta, w 2008 została Honorowym Obywatelem Piastowa.
3 maja 2006 na wniosek warszawskich środowisk kombatanckich Prezydent RP Lech Kaczyński awansował ją do stopnia generała brygady. Została wówczas drugą po Marii Wittek kobietą-generałem w historii Wojska Polskiego.
Profesor Elżbieta Zawacka została dwukrotnie odznaczona Orderem Wojennym Virtuti Militari V klasy i pięciokrotnie Krzyżem Walecznych; w 1995 prezydent Lech Wałęsa odznaczył ją Orderem Orła Białego. W 2002 otrzymała Nagrodę Kustosz Pamięci Narodowej z rąk Prezesa IPN prof. Leona Kieresa.
W 1990 z jej inicjatywy powstała Fundacja Archiwum i Muzeum Pomorskie AK oraz Wojskowej Służbie Polek w Toruniu, obecnie Fundacja Generał Elżbiety Zawackiej.
Gen. bryg. Elżbieta Zawacka jest fundatorką pomnika Wojskowej Służby Kobiet w Warszawie.
Zmarła w wieku niemal 100 lat, pochowana na Cmentarzu św. Jerzego w Toruniu. [źródło: Wikipedia, Elżbieta_Zawacka]